Малим Олекса змальовував ікони, цілими днями просиджуючи в церкві та спостерігаючи пам'ятки давнього бароково-візантійського мистецтва. Зростав митець у багатстві народних звичаїв і фольклору. Навчаючись у майстерні Пилипа Клименка, Новаківський вже працював над іконостасом у селі Кубанці. Але така робота не припала до вподоби молодому митцю: він з більшим натхненням малював краєвиди моря, використовуючи для того зішкрябані з палітри фарби. Жоден твір тих років не зберігся. 
Під час навчання в Кракові та стажування в Леона Вичулковського Олекса Новаківський створив сотні імпресіоністичних пейзажів у спробах передати миттєві відчуття й переживання ескізними мазками та ефектами мінливого світла, наповнюючи краєвиди глибоким змістом і алегоричним підтекстом. У Кракові митець тісно спілкувався з українською творчою інтелігенцією, представники якої гуртувалися довкола Богдана Лепкого — письменника й викладача української мови та літератури в Ягеллонському університеті. Василь Стефаник, Осип Курилас, Модест Сосенко, Іван Труш, В'ячеслав Липинський — ці та інші творчі особистості збиралися в помешканні Лепкого, щоб дискутувати про проблеми національної політики і мистецтва.
На персональній виставці в Кракові в 1911 р. Олекса Новаківський представив понад 100 робіт, з якими прийшли популярність та визнання. Творчість митця зацікавила митрополита Андрея Шептицького — і він запросив Новаківського до Львова. Прийнявши пропозицію, художник переїздить, і поряд з творчою роботою, починає педагогічну діяльність. Згодом, у 1923 р., Олекса Новаківський заснував мистецьку школу в Львові, яка перетворилася на осередок малярської культури в Західній Україні. Художник також був очільником факультету мистецтва Львівського (таємного) Українського Університету в 1924-1925 рр.
Улюбленою моделлю для портретів і символіко-алегоричних картин Новаківського була його кохана дружина Анна-Марія. 
Новаківський часто малював себе. Олійні автопортрети, начерки пером, олівцем і вуглем — так художник фіксував свій психологічний стан і образ, декларував життєву позицію і переконання певного періоду життя. На більшості цих робіт Новаківський дивиться через плече — ніби докоряє суспільству, що байдуже до мистецтва, не цінує митця.
Виняткове значення в творчості Олекси Новаківського відігравала Святоюрська гора, яку художник міг спостерігати зі своєї майстерні. На сотнях пейзажів митця зображено собор Юра — місце резиденції його духовного провідника Андрея Шептицького. 
Останню роботу — ікону «Святоюрська Мадонна» — Новаківський виконував для Архикатедрального собору святого Юра. Вона мала стати вінцем творчості майстра, але він не зміг її завершити. Втім це стало своєрідним підсумком творчості щодо роботи з тематикою Богородиці. 
У Львові в 1972 р. відкрито Художньо-меморіальний музей Олекси Новаківського. У 2016 р. словацький професор Микола Мушинка подарував Національному музею ім. Андрея Шептицького в Львові 50 живописних і графічних робіт майстра. У 2022 р. з нагоди 150-річчя від дня народження Олекси Новаківського та 50-літнього ювілею Художньо-меморіального музею художника Укрпошта випустила поштовий конверт із зображенням будівлі музею та марку із «Автопортретом із пензлем» Олекси Новаківського.