Працював у галузі політичного плаката, брав участь у виставках та конкурсах. Роботи Коткова публікувалися в офіційному альбомі «Український радянський плакат», були надруковані великими накладами в державних видавництвах. Таку роботу художник вдало поєднував із захопленням джазом, цікавістю до світового модерного мистецтва, творчими пошуками та експериментами.
В монументальних композиціях Котков поєднував рельєфи і мозаїку чи розпис, а також створював плакати, мозаїчні панно, графічні портрети, вітражі.
Роботи Ернеста Коткова вважають хрестоматійними, але художник належить до київських модерністів, яких асоціюють з неофіційним мистецтвом. Як монументаліст Котков був успішним і популярним, але практика його як живописця піддавалася жорсткій критиці: його звинувачували в формалізмі — і до 1980-х рр. митець творив «в стіл», випробовуючи різні стилістичні прийоми, що згодом втілилися в мозаїках та об’ємно-просторових композиціях, які стали доступними широкій авдиторії.
Серед робіт Коткова: монументально-декоративне оформлення Київського річкового вокзалу, аеропорту «Бориспіль», станцій київського метрополітену «Либідська» та «Гідропарк», мозаїчні панно в Палаці культури Дніпродзержинського хімкомбінату та «Місто сонця» на Київському заводі ЗБК-1, стела «Пам’яті загиблих чорнобильців» у Кєві, графічні роботи «Гуцул», «Прожектори», «Фортеця “Горішок”», живописні твори «Бабуся та онук», «Весна», «Пейзаж», «Автопортрет», «Балет», «Одруження», «Викрадення коханої», «Любовні ігрощі», «Іконостас», «Христос», «Сім’я», «Три грації», «Райський сад», «Ангел-охоронець», «Зародження життя», «На березі Чорного моря».