Як художник-нонконформіст Зеновій Флінта в 1960-1980 рр. попри ідеологічний тиск комуністичної тоталітарної системи реалізував неформальні творчі пошуки, алегорично втіливши філософські образи власного Всесвіту в живописі, графіці та кераміці.
Художній мові Флінти немає аналогів: постійно експериментуючи, він прагнув зобразити простір і пластичні форми через гармонізацію їхнього співвідношення, виразність композицій, відтінкову розмаїтість барв. Водночас барви його творів попри стриманість залишались емоційно насиченими. Через колір Флінта передає інші властивості зображеного на картинах: вагомість, статика, хиткість, конструктивна жорсткість предметного світу, простір. Для Зеновія Флінти вагу мали композиція, рисунок, ескізна підготовка, на противагу спонтанним імпульсам. Різнотемні пейзажі Флінти — морські, степові, гірські, міські — об’єднані його сприйняттям природи як чогось вічного, непохитного, величного.
Зеновій Флінта в своїми творами спонукає глядачів роздумувати про вічне, незбагненне, швидкоплинне життя, змушуючи переживати неповторні стани душі. «Важливо, щоб речі й світ постійно обіцяли нам розповісти щось нове», — любив повторювати митець.
Флінта є автором галереї надзвичайно різних за образним вирішенням та психологічно яскравих портретів своїх сучасників, в яких проявилась образна система живопису митця. Ці портрети позбавлені парадної урочистості — натомість написані в ліричній тональності, що підкуповує душевністю. У цих роботах зникає відлуння монументально-декоративного стилю Флінти — і з’являється м’якість форм, гнучкість манери письма, приглушені теплі барви.
Важливе місце в творчості Зеновія Флінти займала кераміка. Тут митець спирався на народну творчість, що формує сюжетну розмаїтість та стильові рішення, зокрема через взаємодію форм і кольорів.
Зеновій Флінта брав участь в обласних, республіканських всесоюзних, міжнародних художніх виставках. У 1974 р. Флінту було нагороджено Почесним дипломом на міжнародній виставці кераміки у Фаєнці, в Італії.
Твори митця зберігаються в Львівському національному музеї, Львівській картинній галереї, Музеї етнографії та художнього промислу АН України, художніх музеях міст Суми і Кемерово, в інших художніх, громадських установах і приватних колекціях в Україні та за кордоном.