Зіновій Толкачов є автором портретів державних діячів, українських письменників, численних плакатів, сатиричних малюнків, ілюстрацій до повісті Е. Ремарка «На західному фронті без перемін», до творів Шолом Алейхема та ін., літографій на антифашистські теми. Однією з тем творчості митця була «Ленін і комсомол». Шрифт митця Толкачова використано у написі «Ленін» на мавзолеї у Москві.
В роки Другої світової війни Толкачов був фронтовим художником. Брав участь у звільненні концтаборів Майданек у 1944 р. та Аушвіц (Освенцим) у 1945. Толкачова було прикомандировано до комісії з дослідження злочинів у концтаборі Аушвіц. Під враженням від побаченого художник ще в таборі почав робити замальовки. Він одним із перших зобразив жахіття нацистських таборів смерті та Голокост. У перші години звільнення концтаборів він написав роботи «Майданек», «Освенцим», «Квіти Освенцима». В СРСР його малюнки із Освенцима видали лише у 1965 році. Спогади Толкачова в авторській редакції про перебування в концтаборах «Майданек» та «Аушвіц-Біркенау» опублікувало видання Радіо Свобода, доповнивши текст унікальними архівними світлинами.
Виставки робіт Толкачова відбулися у Варшаві, Жешуві, Катовіце, Кракові, Лодзі, Люблині. У Варшаві також було видано альбоми з роботами із серії «Майданек» і «Квіти Освенцима», які від імені польського уряду було розіслано очільникам країн антигітлерівської коаліції, міністрам союзних держав, военачальникам.
Після війни художника почали цькувати та переслідувати за «космополітизм». Роботи його оголосили «сіоністсько-релігійними», а творчість — «глубоко порочной». Сам митець був затаврований як «втілення безрідного космополітизму та буржуазного націоналізму».
Попри все Зіновій Толкачов і далі пристрасно працював, заліковуючи рани творчістю.