Повернувшись до Петербурга, Сагайдачний пішов навчатися малярству та скульптурі в приватних студіях Дмитра Кардовського та Яна Циоглінського, в училищі барона Штігліца.
У період захоплення авангардом митець пробував себе в різних напрямках авангардного малярства. Спільно з ученицею школи Бойчука паризького періоду Софією Бодуен де Куртене та художником Михайлом Ле-Дантю Сагайдачний пропагував «ідею первинності в мистецтві примітиву та народної творчості». За порадою Софії він приїхав до Львова, де познайомився з Михайлом Бойчуком та бойчуківським «неовізантизмом».
У 1917 році, переїхавши до Києва, Сагайдачний влаштувався театральним художником та вступив до Української Академії Мистецтва, де навчався в майстерні Бойчука.
Кожний період позначився на творчості Сагайдачного. Так, в доробку митця: замальовки гуцульського побуту, архітектури, портрети гуцулів, пейзажі краю, лаконічні кольорові роботи в дусі авангарду, картини в стилі бойчуківської школи, а також кубофутуристична скульптура та декоративні твори.
Митець увійшов до складу ініціативної групи АРМУ, організованої в 1925 році, членами якої також були Давид Бурлюк, Анатолій Петрицький, Михайло Бойчук, Василь Седляр, Іван Врона.
Творчі пошуки Сагайдачного проявилися і в скульптурі, яку характеризують як «кубофутуристичний бойчукізм». Але, на жаль, композиції були знищені в період боротьби з «антинародним формалізмом». Масові репресії проти діячів української культури в 1932 року змусили Сагайдачного переїхати в Луганськ. Твори художника, представлені на виставках у Луганську та Сталіно в 1934-35 рр. попали під графу «формалізм». Але звинуватити митця та одного з засновників російського авангарду в «українському буржуазному націоналізмі» не вдалося – це зберегло Сагайдачному життя в трагічному 1937 році.
Сагайдачний був закоханий в гуцульське мистецтво (в 1946 р. переїхав з родиною до Косіва), що спонукало його колекціонувати роботи як визнаних майстрів, класиків, так і своїх талановитих сучасників.
У середині 1950-х рр. Сагайдачний разом із художниками-бойчукістами – Сергієм Колосом й Охрімом Кравченком – започаткували виїзди на пленери мальовничих краєвидів Яворова, Ясенова, Річки, Брусного, Пістиня. Одного серпневого ранку 75-річний Сагайдачний пішов із улюбленим етюдником у гори. Та серце художника не витримало спекотної погоди й далекої дороги. У 1969 році в Львові була організована посмертна виставка творів Євгена Сагайдачного.
Як викладач працював у Межигірському художньому керамічному технікумі, художньо-промисловому технікумі ім. Гоголя в Миргороді, в художніх закладах у Дніпропетровську, Ніжині, Луганську, в Косівському художньому училищі. Викладав скульптуру, рисунок, живопис, історію мистецтва.
Твори Євгена Сагайдачного зберігаються в Національному музеї народного мистецтва Гуцульщини та Покуття ім. Йосафата Кобринського, Національному музеї ім. Андрія Шептицького в Львові. У збірці NAMU розміщено п'ять малярських та одна графічна роботи Сагайдачного, що належать до бойчукістського періоду творчості митця.